Dans KILLING FLOOR 2, les joueurs descendent en Europe continentale où l`épidémie causée par l`expérience ratée d`Horzine Biotech s`est propagée à une vitesse effrayante jusqu`à devenir totalement incontrôlable, paralysant l`essentiel de l`Union européenne. Un mois seulement après la fin des événements du premier KILLING FLOOR, les spécimens clonés sont partout et la civilisation est en totale déliquescence ; les communications sont coupées, les gouvernements sont tombés et les forces militaires ont été systématiquement éradiquées. Les peuples d`Europe ne connaissent que trop bien l`instinct de survie et de conservation et certains survivants chanceux ont heureusement pu se cacher.
Mais tous n`ont pas perdu espoir... Des groupes de civils et de mercenaires se sont associés pour combattre l`épidémie et ont établi des bases d`opérations financées par des fonds privés aux quatre coins de l`Europe. En traquant les spécimens clonés infectés, les joueurs vont devoir descendre dans des zones dangereuses grouillantes de « Zeds » pour exterminer ces derniers.